代謝途徑是酶介導(dǎo)的生化反應(yīng)，可導(dǎo)致細(xì)胞或組織中天然產(chǎn)物小分子的生物合成（合成代謝）或分解（分解代謝）。在每種途徑中，酶催化底物轉(zhuǎn)化為結(jié)構(gòu)相似的產(chǎn)物。代謝過(guò)程通常會(huì)轉(zhuǎn)化小分子，但也包括大分子過(guò)程，例如DNA修復(fù)和復(fù)制以及蛋白質(zhì)合成和降解。代謝維持細(xì)胞和生物體的生存狀態(tài)。 蛋白酶在整個(gè)生物體中用于各種代謝過(guò)程。蛋白酶控制著對(duì)生命至關(guān)重要的各種生理過(guò)程，包括免疫應(yīng)答，細(xì)胞周期，細(xì)胞死亡，傷口愈合，食物消化以及蛋白質(zhì)和細(xì)胞器的回收。根據(jù)蛋白酶活性位點(diǎn)中關(guān)鍵氨基酸的類(lèi)型和肽鍵裂解的機(jī)制，蛋白酶可分為六類(lèi)：半胱氨酸，絲氨酸，蘇氨酸，谷氨酸，天冬氨酸蛋白酶以及基質(zhì)金屬蛋白酶。蛋白酶不僅可以在細(xì)胞凋亡過(guò)程中激活蛋白質(zhì)（例如細(xì)胞因子），或者在許多修復(fù)蛋白中使它們失活，而且可以暴露出隱秘位點(diǎn)（例如在淀粉樣前體蛋白加工過(guò)程中與β-分泌酶一起發(fā)生），脫落各種跨膜蛋白（例如在金屬蛋白酶和細(xì)胞分裂過(guò)程中發(fā)生）。半胱氨酸蛋白酶，或?qū)⑹荏w激動(dòng)劑轉(zhuǎn)化為拮抗劑，反之亦然，例如由金屬蛋白酶，二肽基肽酶IV和某些組織蛋白酶進(jìn)行的趨化因子轉(zhuǎn)化。除催化結(jié)構(gòu)域外，大量蛋白酶還包含許多其他結(jié)構(gòu)域或模塊，這些結(jié)構(gòu)域或模塊實(shí)質(zhì)上增加了其功能的復(fù)雜性。 已經(jīng)發(fā)現(xiàn)，代謝活動(dòng)的失衡在許多病理學(xué)中是至關(guān)重要的，例如心血管疾病，炎癥，癌癥和神經(jīng)退行性疾病。